Доксициклинийг түүнд мэдрэг нянгаар үүсгэгдсэн төрөл бүрийн халдварын эмчилгээнд хэрэглэнэ.
· Амьсгалын замын халдварууд: Ханиад хатгаа, фарингит, тонзиллит, бронхит, синусит болон дунд чихний үрэвсэл хийгээд стрептококкын болон стафилококкын халдварууд.
· Шээс бэлгийн замын халдварууд: Пиелонефрит, цистит, уретрит, гоноррейн эпидидимит, сифилис, шанкроид болон гранулём.
· Хламидын халдварууд: Lymphogranuloma, venereum, psittacosis, trachoma.
· Гэдэсний халдварууд: “Whipple’s” өвчнүүд, халуун орны “sprue”, “blind loop syndrom”, амёбын дизентери.
· Бациллын халдварууд: Бруцеллёз, тулереми, холер, аялагдын суулгалт.
· Батгашилт эмгэгүүд: acne vulgaris, acne conglobata г.м.
· Бусад халдварууд: тифүүд, актиномикоз, ricketsialbox болон Q-fever мөн Mycobacterium marinum, Bordetella pertussus болон Bacillus anthracis-аар үүсгэгдэг халдваруудын үед тус тус хэрэглэнэ.